Em 1878, o colapso da Era do Xogum Tokugawa e a ascensão da Era da Restauração Meiji puseram fim à Era dos Samurais. Way of the Samurai coloca você no papel de um samurai errante que é arrastado para um conflito entre a família Kurofu e o Clã Akadama por causa de uma fundição de ferro. Ao se encontrar com ambos os lados da disputa, você pode usar engano, traição ou combate para moldar o resultado do conflito. Pegue dezenas de espadas diferentes, cada uma representando um estilo de luta diferente.

O xogunato Tokugawa, um clã samurai que unificou o Japão durante o período sengoku por 265 anos, caiu, e agora, dez anos depois, quando as próprias pessoas que antes governavam a sociedade japonesa (samurais) foram proibidas, um ronin solitário (samurais sem lorde) chegou a Rakkotsu Pass. Com três facções competindo pelo controle do posto avançado, são suas decisões que ditarão quem se levantará, quem cairá e, finalmente, quem sobreviverá a este momento turbulento.