John Yesterday se torna imortal após um ritual oculto. No entanto, o ritual foi adulterado e as coisas não saem como planejado. Agora ele tem que embarcar em uma aventura para tentar reproduzir o ritual da imortalidade corretamente. Mas seus antigos conhecidos têm outros planos para ele...

Servindo como uma prequela e uma sequência do jogo anterior Yesterday, a história segue John Yesterday e sua namorada Pauline enquanto tentam desvendar o mistério da imortalidade de John. Um fio remonta a séculos, até quando João se tornou imortal: capturado pela Inquisição Espanhola, ele escapa com a ajuda do Padre Ginés, que traduz o arcano Livro da Carne em busca de uma poção de imortalidade. O outro tópico se desenrola nos dias atuais, onde John e Pauline ganham a vida lidando com artefatos raros. Quando John se depara com uma pista ligada ao Livro da Carne, a descoberta puxa o casal de volta aos segredos sombrios de sua vida sem fim, forçando-os a confrontar as origens de sua maldição.