Este é o mais recente trabalho do criador de Steins;Gate, Chiyomaru Shikura, em colaboração com a equipe de retorno da Science Adventure Series.

O jogo se passa em 2037. A história começa em 6 de fevereiro de 2036, quando um acidente envolvendo computadores enlouquecendo destrói muitas grandes cidades ao redor do mundo. O enorme desastre é chamado de "Problema 2036", mas há uma previsão de que haverá um incidente semelhante em 2038. Assim, um grupo de cientistas usa o Supercomputador Gaia para criar um "Simulador da Terra" para evitar que isso aconteça, mas falha porque o potencial de nascimento humano caiu drasticamente. Os cientistas então introduzem a fórmula "Mensagem de Arecibo" no Simulador de Terra, trazendo com sucesso a humanidade para outro mundo. Eles ficam animados no início, até perceberem que os próprios seres humanos no Simulador de Terra criaram outro Simulador de Terra. Os cientistas começam a suspeitar que eles são na verdade apenas o produto de um Simulador de Terra de criaturas cuja posição está acima deles. A história gira em torno de Takaoka Pollon, um hacker que tem a capacidade de "salvar e carregar" como em um videogame. Usando seu Sistema de Gatilho de Hackeamento, ele pode intervir com a linha do mundo ao seu redor.