Hack//Infection é o primeiro de uma série de quatro jogos, intitulados . hack//Infection, . hack//Mutation, . hack//Outbreak, e . hack//Quarantine, apresenta um "jogo dentro de um jogo"; um jogo de RPG online fictício para múltiplos jogadores (MMORPG) chamado The World, que não exige que o jogador se conecte à Internet. Os jogadores podem transferir seus personagens e dados entre os jogos da série. Cada jogo vem com um DVD extra contendo um episódio de . hack//Liminality, a série de animação de vídeo original que detalha eventos fictícios que ocorrem simultaneamente com os jogos. Os jogos fazem parte de uma franquia multimídia chamada Project . hack, que explora as origens misteriosas do mundo. Definido após os eventos da série de anime. hack//Sign, os jogos se concentram em um jogador chamado Kite e sua busca para descobrir por que alguns usuários ficaram em coma como resultado de jogar The World. A pesquisa evolui para uma investigação mais profunda do Mundo e seus efeitos na estabilidade da Internet.

O jogo abre com um trecho do Epitáfio do Crepúsculo de Emma Wielant e é seguido por uma tela de entrada de nome. É aqui que o nome do usuário e o nome do personagem são inseridos. Por uma questão de consistência, o personagem principal será chamado de Pipa, o nome padrão do personagem. Kite foi convidado por sua amiga, Yasuhiko, para tocar The World. Enquanto Yasuhiko, conhecido como o lendário jogador Orca, mostra Kite as cordas, os dois encontram Aura. Assim que Aura está prestes a confiar a Orca o Livro do Crepúsculo, Skeith ataca. Orca tenta se defender e defender Kite, mas não é páreo para Skeith e acaba sendo Drenado de Dados. Assim que Skeith está prestes a fazer o mesmo com Kite, alguém distrai Skeith e transporta Kite para Net Slum. Lá, o Livro do Crepúsculo é adicionado ao seu inventário. Foi nesse momento que os servidores do Mundo travaram.