Tales of Destiny é uma continuação de Tales of Phantasia. Como seu antecessor, ele tem a estrutura dos tradicionais jogos de RPG japoneses, mas substitui o combate baseado em turnos por um orientado à ação. As batalhas ocorrem em telas de rolagem lateral separadas e se assemelham às de um jogo de luta. O jogador controla o herói principal, navegando-o na tela de batalha e realizando vários ataques e combos. Outros membros do grupo são controlados pela IA do jogo, mas é possível pausar a batalha a qualquer momento e atribuir um novo estilo de combate a qualquer um deles.

No passado, um cometa colidiu com o mundo, jogando nuvens de poeira no céu e envolvendo o mundo em frio e escuridão. Mais ou menos na mesma época, os habitantes, os Aethers, descobriram uma nova forma de energia do núcleo do meteorito, que eles chamaram de Lens. Combinando isso com mais pesquisas, as pessoas foram capazes de criar cidades no céu e viver nelas. Infelizmente, apenas alguns selecionados foram escolhidos, deixando o resto das pessoas para permanecer na superfície sombria do planeta. Essas pessoas ficaram conhecidas como Erthers. A história do jogo começa quando o garoto do campo que virou aventureiro Stahn Aileron, que busca fama e aventura, entra furtivamente a bordo da nave voadora Draconis como um clandestino. Ele é descoberto pela tripulação e forçado a trabalhar como marinheiro de convés, mas quando uma grande força hostil ataca o navio, a tripulação fica sobrecarregada e Stahn se liberta durante o caos que se seguiu. Procurando uma arma utilizável para afastar os atacantes, ele ganha acesso a um depósito e descobre uma espada "lixo". No entanto, a espada começa a falar com ele, chamando-se Dymlos e alegando ser um Espadachim senciente das Guerras Aeth'er. Armado com Dymlos, Stahn luta para chegar a uma cápsula de fuga, que ele usa para escapar da nave que desce rapidamente antes que ela caia no chão.