O jogo se passa um ano após Tales of Xillia. Elle Mel Marta recebe instruções específicas de seu pai para embarcar em um trem e encontrar a Terra de Canaã. Seu trem é sequestrado antes de sua partida e Ludger Will Kresnik embarca para salvá-la. O trem cai e os dois recebem tratamento salva-vidas da Clanspia Inc., o que coloca Ludger em dívida. A Clanspia Inc. contrata Ludger, com a intenção de usar seus poderes de Kresnik para destruir linhas de tempo alternativas porque a Origem espiritual não pode mais sustentar a abundância de almas nos mundos. Enquanto trabalha para pagar a dívida, Ludger também procura seu irmão, Julius Will Kresnik, que foi culpado pelo sequestro do trem.