Kingdom Hearts II é um jogo de RPG de ação e a principal entrada para a série desde a colaboração entre a Disney Interactive e a Square em 2002. O cenário do jogo é uma coleção de vários níveis (referidos no jogo como "mundos") pelos quais o jogador progride. Como no primeiro jogo, ele II permite que o jogador viaje para locais de várias obras da Disney, juntamente com mundos originais criados especificamente para a série.

Um ano após os eventos de Kingdom Hearts: Chain of Memories, Sora, Donald e Pateta despertam em Twilight Town. Empenhados em encontrar Riku e o Rei Mickey Mouse, os três começam sua jornada. No entanto, eles logo descobrem que, enquanto dormem, os Heartless estão de volta. Não só isso, mas novos inimigos também apareceram durante sua ausência. Sora, Donald e Pateta partiram em uma missão para livrar o mundo dos Heartless mais uma vez, descobrindo os muitos segredos que permanecem sobre Ansem e a misteriosa Organização XIII.