Um jogador assume a forma de um modo "História" dividido em cinco episódios e quinze níveis lineares. O jogador enfrentará lacaios fracos (que mudam com base no episódio), além de subchefes ocasionais que tentarão escapar para a cidade. O nível final é dedicado a uma luta única contra um chefe. Os jogadores usam armas peculiares que variam de infinitas bolas de neve amarelas a lançadores de vacas e bonecos tóxicos Terrance e Phillip. Cada arma tem um fogo secundário, e os jogadores alternam entre os quatro personagens principais quando trocam de arma - cada uma das quatro crianças compartilha uma única barra de vida por causa disso. As crianças comentarão sobre as ações do jogo à medida que elas ocorrem, com palavrões mais pesados censurados com bipes. As crianças ficarão mais irritadas (e mais sujas) à medida que sua saúde se esgota, até que finalmente desistem de salvar a cidade e vão para casa.

A mysterious comet is approaching the earth; described by the opening narration as a force of concentrated evil that no force of good can stand against. As it comes closer, South Park is beset by enemies; including rabid mutant turkeys, deformed clones of the townsfolk, alien visitors, berserk robots, and sentient killer toys. Stan, Kyle, Cartman and Kenny hear about the dangers from Chef, and take up arms to investigate their sources and defend the town.