A história gira em torno de um elenco interconectado de personagens que possuem um poder que lhes permite ver e ouvir o que um personagem próximo vê. O jogo foi seguido por uma sequência para o PlayStation 2, uma releitura para o PlayStation 3 e uma adaptação para o cinema. A Sereia é dividida em etapas, cada uma ocorrendo em uma das dez áreas da aldeia de Hanuda, e organizada cronologicamente em uma tabela chamada "Navegador de Links". Para completar um estágio, o jogador deve realizar um objetivo principal que geralmente envolve alcançar um ponto de saída, subjugar inimigos mortos-vivos chamados "Shibito" ou encontrar um item. Objetivos em diferentes estágios são interconectados por meio de um efeito borboleta, e as ações de um personagem em um estágio podem desencadear um objetivo secundário em outro estágio. Existem diversos itens espalhados ao longo de cada estágio que dão ao jogador mais informações sobre o plano de fundo da trama. Uma vez obtidos, esses itens são arquivados em um catálogo e podem ser visualizados a qualquer momento durante a duração do jogo. Os personagens jogadores do jogo possuem um poder psíquico chamado "visor", que lhes permite ver e ouvir o que um Shibito ou humano próximo vê e ouve, e assim identificar sua posição, bem como obter conhecimento de suas atividades e da posição dos itens obtidos. A clareza de cada alvo depende da distância do personagem do jogador. Uma vez que um ponto de vista está localizado, ele pode ser atribuído a um de certos botões do controlador para alternar facilmente entre vários pontos de vista. No entanto, o personagem do jogador é incapaz de se mover durante o uso da habilidade e, portanto, é vulnerável a ataques. O jogo incentiva o jogador a evitar Shibito em vez de lutar contra ele. Os personagens podem andar silenciosamente, evitar o uso de uma lanterna e se agachar atrás de objetos para escapar da detecção. Certos objetivos da missão exigem que o personagem do jogador use itens e/ou o ambiente para distrair Shibito de sua atividade, para que ele alcance um objetivo. Outros exigem que o jogador acompanhe um personagem não-jogador. Os personagens dos jogadores também podem gritar a qualquer momento para chamar a atenção do Shibito nas proximidades. Na maioria dos estágios, o personagem do jogador pode se esconder em certos lugares, como armários e portas trancadas, para evitar que Shibito entre. Quando um Shibito ouve um som feito pelo personagem do jogador, ele procurará na direção de onde ouviu o som. Se um personagem for visto por um Shibito, este perseguirá o personagem para matá-lo com uma arma corpo a corpo ou à distância ou por estrangulamento. O Shibito também gritará para alertar outro Shibito próximo. Uma vez que o personagem tenha permanecido fora da vista do Shibito por um período de tempo, o Shibito desistirá e retomará seus hábitos habituais. Armas estão disponíveis para o jogador durante todo o jogo, desde armas brancas até armas de fogo. Embora Shibito possa ser nocauteado em combate, eles não podem ser mortos e serão reanimados após um curto período de tempo. Se um personagem estiver ferido, ele pode se recuperar depois de algum tempo. Os personagens perderão resistência durante o combate e durante a corrida.