Baseado no filme de mesmo nome, este jogo é uma releitura do Harukanaru Toki no Naka De 1 original, onde a história é baseada em um cenário diferente e com um novo personagem adicionado.

Algum tempo depois que o protagonista chega à capital e ganha a capacidade de selar espíritos vingativos, o Palácio Imperial é consumido por um número considerável de maldições. A mancha espiritual avassaladora faz com que vários membros da nobreza - incluindo Fujihime - fiquem gravemente doentes. Devido a restrições em relação ao decoro, o protagonista é enviado para ficar sozinho no palácio para remediar a situação. Suas primeiras tentativas de purificação falham e ela é intimidada pela nobreza por sua conduta imprópria. Um jovem misterioso a visita durante seu tempo de vulnerabilidade e a transmite com o conhecimento que ela precisa para superar a ameaça. Uma vez que ela esteja reunida com seus companheiros, seu objetivo é salvar o Palácio Imperial, o coração espiritual da capital, do Clã Demônio.