Dogi, amigo de longa data de Adol Christin, deseja retornar à sua cidade natal, Redmont, depois de ouvir sobre estranhos distúrbios que estão acontecendo lá. Sempre em busca de uma aventura, Adol se junta a ele e logo descobre a causa desse novo mal. Ys: Andarilhos de Ys se separam do sistema de batalha "esbarrando em inimigos" dos dois primeiros jogos, permitindo que Adol controle sua espada em uma variedade de direções. Beside changing the battle system, the game's perspective switches to a side-scrolling view, as opposed to the top-down one of the previous games. Adol also has the ability to jump now. New to the series is the use of magical rings, which give Adol different powering-up abilities such as healing and shielding. The game also uses various key items found along the way to solve minor puzzles and progress the story.