Quando seu avô morre e você herda o café dele, é uma tarefa difícil para qualquer um. Mas com a ajuda de quatro talentosos catboys, o Cafe Kin'uan está pronto para os negócios em Nekopara: Catboys Paradise!

Seu avô faleceu recentemente e você acaba herdando o café e a casa dele. Você pretende manter o café funcionando como uma homenagem ao seu avô, mas não tem ideia de por onde começar. É quando uma escola entra em contato com você e pergunta se você está disposto a hospedar alguns estagiários que têm alguma experiência na administração de um café. Você aceita a oferta sem muita hesitação. Para sua surpresa, no entanto, os treinandos não são quatro humanos, mas quatro gatos humanoides! Trabalhadores humanóides de gatos não são tão raros hoje em dia, mas esta ainda é a primeira vez que você interage com um. E assim, sua história começa enquanto você trabalha ao lado de quatro catboys!