O Dr. Eggman (TAMBÉM CONHECIDO COMO Dr. Robotnik) está mais uma vez transformando os animais de Mobius em robôs usando sua engenhoca monstruosa, a Fortaleza Veg-O. Somente Sonic pode penetrar no Sistema de Defesa de Pinball para libertar os animais, recuperar as Esmeraldas do Caos e acabar com os planos diabólicos do Dr. Eggman!

Sonic the Hedgehog Spinball é um dos poucos jogos da franquia Sonic ambientados no universo da série animada Sonic the Hedgehog. O cientista malvado Doutor Robotnik construiu uma fortaleza no topo de um vulcão para transformar os animais do planeta Mobius em escravos robôs. O magma do vulcão alimenta a fortaleza e os sistemas de defesa semelhantes a máquinas de pinball. O vulcão é mantido em condições estáveis com as Esmeraldas do Caos. Sonic, o Ouriço, e seu amigo Tails montam um ataque aéreo à fortaleza. Sonic é jogado nas águas que cercam o vulcão, mas surge nas cavernas abaixo da fortaleza. Ele se infiltra nas defesas, foge com as Esmeraldas do Caos e liberta os animais. Sem as Esmeraldas do Caos, uma erupção começa a destruir a fortaleza. Sonic destrói a nave de fuga de Robotnik. Tails resgata Sonic, enquanto Robotnik cai no vulcão, que afunda no oceano e explode.