Mortal Kombat 4 é um jogo de luta 1 vs 1, semelhante aos outros jogos de Mortal Kombat, mas este é o primeiro jogo da série com modelos de personagens 3D. O jogador pode escolher entre 15 lutadores diferentes no início (e vários desbloqueáveis mais tarde). Muitos lutadores de jogos anteriores da série fazem um retorno (como Scorpion, Sub Zero, Liu Kang, Sonya Blade, Johnny Cage etc. ), enquanto outros novos lutadores se juntam, como Shinook (que é o principal personagem maligno deste jogo), Fujin, Jarek e Kai. Goro retorna como chefe.

Milhares de anos antes do cenário do primeiro jogo, Shinnok, um dos Deuses Anciões que controlam os seis reinos no universo de Mortal Kombat, tentou se tornar o conquistador de todos eles. O deus do trovão Raiden lutou e derrotou Shinnok em uma guerra que durou centenas de anos, enviando-o para o Netherrealm, onde ficaria preso para sempre. Agora, Shinnok conseguiu escapar do Netherealm com a ajuda do feiticeiro Quan Chi e busca vingança contra os Deuses Anciões que o baniram. Em seu plano, ele primeiro conquista o reino de Edenia, com a ajuda de uma traidora, Tanya, enquanto se prepara para atacar os Deuses Anciões. Para impedir a ameaça de Shinnok, Raiden pede ajuda aos guerreiros do Earthrealm que salvaram os reinos do Imperador Shao Kahn em títulos anteriores.