Fursan al-Aqsa: Os Cavaleiros da Mesquita de Al-Aqsa é um jogo de ação no qual você joga como Ahmad al-Falastini, um jovem estudante palestino que foi injustamente torturado e preso por soldados israelenses por 5 anos, teve toda a sua família morta por um ataque aéreo israelense e agora, depois de sair da prisão, busca vingança contra aqueles que o prejudicaram, mataram sua família e roubaram sua terra natal, juntando-se a um novo Movimento de Resistência Palestino chamado Fursan al-Aqsa: Os Cavaleiros da Mesquita de Al-Aqsa.

Você joga como Ahmad al-Falastini, um jovem estudante palestino que foi injustamente torturado e preso por soldados israelenses por 5 anos, teve toda a sua família morta por um ataque aéreo israelense e agora, depois de sair da prisão, busca vingança contra aqueles que o prejudicaram, mataram sua família e roubaram sua terra natal, juntando-se a um novo Movimento de Resistência Palestino chamado Fursan al-Aqsa: Os Cavaleiros da Mesquita de Al-Aqsa. Durante sua permanência na prisão, Ahmad conheceu o líder desse grupo, Abu Ubayda, e soube da história por trás do grupo Fursan al-Aqsa, que esse grupo estava preparando uma grande operação militar contra Israel, "Operação Muhammad al-Falastini", no entanto, o Mossad (Agência Nacional de Inteligência de Israel) estava ciente dessa Operação, que resultou em seu fracasso, na morte de todos os seus membros e na prisão de seu líder, Abu Ubayda. Ahmad, decide concluir esta Operação sozinho, que é quando recebe todas as instruções da missão de Abu Ubayda, que revela a Ahmad a localização de uma mochila com alguns equipamentos que o ajudarão nesta missão. Então o jogo começa.