The Legend of Heroes: Trails in the Sky SC é a segunda parte da série Trails principal, servindo como uma sequência direta dos eventos de The Legend of Heroes: Trails in the Sky. O jogo segue Estelle em uma nova aventura, depois de completar algum treinamento da Bracer Guild para se preparar para essa aventura. Camaradas antigos e novos se juntam à sua equipe neste RPG baseado em história com novas mecânicas de combate e outros recursos que melhoram a experiência de jogo desde a primeira entrada.

Dez anos após a Guerra dos Cem Dias, o pequeno país de Liberl estava em paz até que um golpede Estado instigado dentro das fileiras do Exército Real tentou derrubar a Rainha Alicia. Graças aos esforços combinados da Guilda Bracer e militares leais, o golpe foi frustrado e os líderes presos. A segurança do reino parecia segura, mas eventos misteriosos começam a acontecer em Liberl no momento em que a Rainha Alicia se prepara para solidificar a paz entre as nações vizinhas. Em meio a essas estranhas ocorrências, Estelle parte em busca de Joshua e desmascara os membros da misteriosa "Sociedade" por trás da crescente agitação.