Mega Man retorna para mais ação selvagem em MEGA MAN X5. Desta vez, os terroristas atacaram uma colônia de asteroides e desligaram sua gravidade artificial. Agora, cabe a Mega Man e seu amigo Zero derrotar os terroristas, ligar a gravidade e impedir que a colônia colida com a Terra. A jogabilidade é o que os fãs da série esperam: Mega Man deve usar seus blasters e bombas para percorrer oito níveis de ação de corrida, salto e tiro. Se você decidir jogar como Zero, terá que usar uma espada de plasma e alguma astúcia para passar pelos mesmos níveis. Em ambos os casos, os personagens terão que enfrentar chefes difíceis que têm habilidades únicas. Uma vez que um chefe é derrotado, Mega Man e Zero podem utilizar os talentos do chefe. Apenas Mega Man e Zero podem salvar a colônia e a Terra em MEGA MAN X5.

Years after the Reploid Wars, all seems peaceful in the world. But peace was not meant to last forever. When the "Eurasia" space colony is attacked by an unknown virus, the call goes out! X and Zero are called back into action to help destroy the colony, which is now on a collision course with Earth, and is expected to collide into the planet in only 16 hours! At the same time, Sigma, the archenemy of the Maverick Hunters, shows up again...