What Lies in the Multiverse é uma aventura 2D baseada em histórias que se poderia chamar de comédia dramática. Cheia até a borda de hilariantes travessuras de desenho animado, a narrativa também apresenta ao jogador temas maduros e profundos como morte, inveja e obsessão.

Quando um menino talentoso (conhecido apenas como The Kid) é lançado em um universo totalmente novo, ele encontra Everett - um cientista sarcástico, excêntrico e misterioso com o poder de mudar de dimensão. Ligados por uma perigosa curiosidade mútua por mundos paralelos, eles embarcam em uma investigação sobre o desconhecido. Juntos, eles se aventuram em uma ilha estranha, onde encontrarão respostas importantes sobre o passado de Everett e o universo, ao mesmo tempo em que são caçados por conhecidos antigos, mas duvidosos, que estão procurando capturá-los e acabar com suas travessuras de mudança de dimensão.