Este é o primeiro jogo da série Chocobo's Dungeon. Você assume o personagem Chocobo e se aventura por uma masmorra criada aleatoriamente.

A história evolui a partir do filme de abertura, quando um colega chocobo é "transformado" no mal por um cristal que ele encontra em um jardim. Quando o chocobo maligno chuta você para uma masmorra, a aventura começa. Viaje por uma masmorra em constante mudança, coletando itens e armas para se tornar mais poderoso, para que você possa derrotar os inimigos cada vez mais difíceis.