Yoshi e Baby Mario estão finalmente juntos de novo, e será preciso uma mão firme para guiá-los em sua última aventura. Enquanto Yoshi atravessa a ilha, você usa a caneta para jogar ovos nos inimigos, levá-lo a frutas que reabastecem os ovos e fazê-lo pular sobre o perigo. Em níveis de rolagem vertical, você usa a caneta para desenhar nuvens para cercar inimigos, jogar moedas e guiar o Bebê Mario pelos céus perigosos. Enfrente os desafios para um jogador ou compita contra um amigo usando o link sem fio do Nintendo DS.