The Legend of Heroes: Trails Through Daybreak II é a décima segunda edição da série Trails principal, servindo como uma sequência direta dos eventos de The Legend of Heroes: Trails Through Daybreak. Uma visita inesperada ao Escritório de Soluções Arkride coloca Spriggan Van Arkride no assunto. As Van searches for the culprit behind the accident, Agnès Claudel continues her search for the eighth and last Oct-Genesis.

S. 1209. Após a ameaça da organização mafiosa Armata ter desaparecido, a República de Calvard recuperou sua paz anterior. Mas um dia, em um canto de Edith City, ocorre um incidente bizarro em que um esquadrão de operações especiais do CID (Departamento Central de Inteligência) foi encontrado abatido. A Polícia de Calvard e a Guilda Bracer começam a investigar o assunto. Mas sentindo que um novo tempo de caos pode chegar, as facções subterrâneas também começam a fazer movimentos. Enquanto isso, Spriggan Van Arkride também começa sua investigação, iniciada por uma visita de alguém inesperado. Quem é o culpado por trás do massacre? Por que eles fizeram isso? E o que acontecerá com Agnès, que está em busca do Oitavo Gênesis, o último legado de seu bisavô? O rugido brutal de uma besta carmesim e um encontro com um menino e uma menina em busca de "algo" os levarão a uma "Trilha" da qual não podem escapar.