We 're Back! : A Dinosaur's Story é diferente de sua contraparte de Gênesis. Esta versão apresenta personagens do filme, mas não segue o enredo do filme. Nesta versão, o Professor Olhos de Parafuso sequestrou Louie e Cecilia. Ao saber disso, o Capitão Neweyes e os dinossauros entram em ação para salvar seus amigos viajando por vários períodos de tempo. A jogabilidade é um side-scroller que faz com que o jogador assuma o controle de Rex, viajando pelos níveis evitando armadilhas e derrotando vários inimigos espalhados pelas fases (cinco ao todo). Rex também pode receber ajuda de seus amigos dinossauros, Elsa, Woog, Vorb e Dweeb de tempos em tempos. Há também power-ups que aumentam e reabastecem a saúde do Rex.