Sonic: After the Sequel (abreviado como Sonic ATS), é um jogo de fãs criado por LakeFeperd que se destina a explicar os eventos que podem ter ocorrido entre Sonic the Hedgehog 2 e Sonic 3 e Knuckles. Nele, o jogador joga como Sonic e Tails, correndo por várias zonas enquanto Sonic e Tails saem para impedir o Dr. Eggman de derrubar o Ovo da Morte (e atacar), a nova e misteriosa ilha conhecida como Angel Island. É a sequência de Sonic Before the Sequel.

Após os eventos de Sonic 2, Sonic é pego por Tails, que está pilotando o Tornado. A dupla então vê uma ilha com um grande anel de metal pairando perto de sua montanha coberta de neve. Eles então decidem ir investigar esta nova ilha. Depois de passar por Horizon Heights, Sonic encontra um pequeno robô parecido com Tails. Em seguida, ele ativa e ataca Sonic, e depois de um breve duelo, é revelado ser uma armadilha de Eggman. Sonic está preso em um campo de força magnético, incapaz de impedir que Eggman roube as Esmeraldas do Caos. Pouco antes de Eggman poder colocar as mãos neles, Tails derrubou as esmeraldas, enviando-as de volta para a Zona Especial no processo. Eggman então faz uma retirada apressada para sua base temporária, Storm Station Zone, com Sonic e Tails em perseguição.