Rune Factory 2 se passa vários anos após o primeiro jogo. O maligno Império Sechs foi derrotado, e o Reino de Norad está mais uma vez em paz. As coisas podem não permanecer assim por muito tempo, no entanto, como premonições sombrias predizem os perigos que estão por vir. Cabe ao jogador descobrir a fonte dessas premonições e trazer paz ao reino mais uma vez. Pela primeira vez na série Rune Factory, a história de Rune Factory 2 é multigeracional. Os jogadores começam o jogo como Kyle, um homem estranho que vem para Alvarna Village. Eventualmente, os jogadores assumirão o papel de filho de Kyle, abrindo uma nova aventura.