O nono jogo principal do Atelier e o primeiro dos dois jogos de Mana Khemia. O foco principal do jogo está no protagonista, Vayne Aurelius, filho de um alquimista lendário chamado Theofratus, que desapareceu algum tempo após o nascimento de Vayne. Desde então, Vayne levou a vida de um eremita, seu único companheiro sendo uma Mana em forma de gato chamada Sulpher. Vayne é convidado para a Academia Al-Revis para treinamento de alquimia por Zeppel, um dos professores. Ele é rapidamente doutrinado na escola, tornando-se parte de um ateliê liderado por Flay Gunnar (um aluno mais velho que é conhecido como O Defensor da Justiça), juntamente com dois outros alunos, Jess (uma garota desajeitada que, no entanto, é adepta da alquimia) e Nikki (uma garota-fera impulsiva). Eles logo se juntam a Pamela (o fantasma residente da escola), Anna (um mestre espadachim de 11 anos), Roxis (o filho de uma famosa família de alquimistas que é rapidamente forçado a participar da oficina por Flay) e Muppy (um alienígena que o grupo descobre em uma missão). Os oito são capazes de concluir tarefas com sucesso, aprender as habilidades da alquimia e permitir que a oficina prospere.