Kuroi Hitomi no Noah: Cielgris Fantasm joga principalmente como RPGs tradicionais de estilo japonês, como Breath of Fire: a protagonista viaja no mapa e interage com várias pessoas, e em suas viagens, também encontra monstros que ela deve lutar. Os encontros são batalhas típicas baseadas em turnos nas quais o jogador atribui ações a serem realizadas pelos membros do grupo. No entanto, Noah tem a capacidade de fazer amizade com monstros e pode recrutá-los quando estiverem enfraquecidos. Eles podem então ser convocados em batalha para lutar ao lado dos membros do grupo. No final da batalha, os membros participantes e monstros ganham pontos de experiência para aumentar seu nível.

Noah estava em silêncio com sua amiga Disteen, mas enquanto exploravam uma caverna, eles acidentalmente liberaram um demônio que estava dormindo há mil anos. Quando Disteen diz a Noah para escapar, ele se transforma em pedra. A deusa Nil então aparece diante de Noé e diz a ela que sua amiga pode ser salva. E assim, Noah embarca em uma missão para desfazer a maldição do demônio, mas ela tem que derrotá-lo dentro de três anos. À medida que o jogo avança, o tempo também passa e eventos diferentes ocorrem em momentos diferentes.