Problemas surgem quando Gruntilda, a bruxa, captura o filhote insuportavelmente bonito, Tooty. Mas antes que a bruxa terrível possa roubar a boa aparência do urso, o irmão mais velho Banjo e sua amiga de penas finas, Kazooie, unem forças para detê-la. Combinando seus 24 movimentos e poderes especiais, Banjo e Kazooie afastarão exércitos de bestas. Urso e pássaro devem caçar as 100 peças do quebra-cabeça e 900 notas musicais que acabarão por levá-los a Gruntilda. No entanto. milhas de pântano, deserto e neve e um urso de uma aventura estão em seu caminho.

A bruxa má da Montanha Espiral, Gruntilda, está dentro de seu covil, fazendo perguntas a seu caldeirão Dingpot sobre quem é o "mais bonito e belo de todos", ao que Dingpot relutantemente responde: "Você é, senhora". Ela se vangloria de sua "beleza", até que Dingpot finalmente quebra seu "silêncio" e diz à bruxa que Tooty, outro habitante da Montanha Espiral, é na verdade a mais bonita e a mais bela de todas. Grunty reage com raiva e decide sequestrar Tooty para roubar sua beleza. Ela pega a vassoura e parte imediatamente. Enquanto isso, Tooty está correndo ao redor da Montanha Espiral, quando é recebida por Garrafas em frente à Casa de Banjo. Ela avidamente diz a Garrafas que ela está indo em uma aventura com seu irmão, Banjo. Dentro da casa, Banjo está dormindo profundamente, com seu amigo breegull, Kazooie, cochilando em sua mochila. Tooty e Garrafas ainda estão falando, até que Garrafas vê Grunty à distância, mas a confunde com Banjo (devido à sua miopia). Grunty imediatamente vai para Tooty, e uma luta se segue. Kazooie, ansioso por ação e aventura, ouve o clamor lá fora, bem como os gritos de ajuda de Garrafas e tenta acordar Banjo. Banjo e Kazooie saem de casa, apenas para descobrir que Grunty saiu e sequestrou Tooty! Garrafas diz ao urso e ao pássaro que eles devem se aventurar pelo Covil de Gruntilda para resgatar Tooty. Garrafas se oferece para preparar a dupla para lutar contra Gruntilda, ensinando-lhes alguns movimentos básicos e consertando a ponte que leva à entrada do covil. Banjo e Kazooie partiram em uma aventura no covil para salvar Tooty.