Jogo de ação, baseado no mangá Shonen Jump. Esta sequência do primeiro jogo de Naruto no GBA (o segundo jogo foi uma simulação/aventura muito diferente) tem três vezes a quantidade de estágios e personagens com o dobro do tamanho. A ação é simplificada e mais dinâmica. Os jogadores podem se transformar em Naruto, Sasuke e Sakura e usar suas habilidades para derrotar os estágios de rolagem. O jogo também utiliza o cabo de ligação para um modo cooperativo para dois jogadores e para um modo de batalha para quatro jogadores.