O herói de Ys é um jovem espadachim aventureiro chamado Adol Christin. Quando a história começa, ele acaba de chegar à cidade de Minea, na terra de Esteria. Ele é chamado por Sara, uma cartomante, que lhe fala de um grande mal que está varrendo a terra. Adol é informado de que deve procurar os seis Livros dos Ys. Esses livros contêm a história da antiga terra de Ys e lhe darão o conhecimento necessário para derrotar as forças do mal. Sara dá a Adol um cristal para identificação e o instrui a encontrar sua tia na Vila Zepik, que detém a chave para recuperar um dos Livros. Com isso, sua missão começa.