Baseado na série de anime de mesmo nome, Ghost in the Shell: Stand Alone Complex é um jogo de tiro em terceira pessoa de ação rápida para até quatro jogadores. Como "Major" Motoko Kusanagi, Batou e Tachikoma, você pode envolver inimigos em combate multiplayer e missões single-player. No modo single-player, suas missões envolvem invadir máquinas e computadores, controlar as mentes de seus inimigos à distância e usar uma variedade de armas para eliminar seus inimigos. Conclua o modo História para desbloquear mais personagens jogáveis, fantasias e armas adicionais.

Os jogos acontecem no ano de 2030, entre as histórias contadas em Ghost in the Shell: Stand Alone Complex e Ghost in the Shell: S. A. C. 2nd GIG. No ano de 2030, o cibercrime, a espionagem e o terrorismo assolam uma sociedade perdida entre a humanidade e a tecnologia. Como um dos membros confiáveis da organização governamental conhecida como Seção 9, o Major Motoko Kusanagi deve descobrir a verdade por trás de um caso misterioso conhecido apenas como T. A. R.