No BattleBlock Theater, os jogadores controlam um prisioneiro enquanto são forçados a jogar os jogos criados por Hatty Hattington. Os controles são simples, com o jogo consistindo principalmente de corrida, salto e socos. Os níveis são compostos por vários tipos de blocos, como blocos em colapso, paredes pegajosas, rochas vulcânicas saltitantes e picos mortais, e também apresentam perigos como água e criaturas mortais.

Quase todas as cut-scenes do jogo são feitas em um estilo de marionete. O jogo começa com o narrador (interpretado por Will Stamper) contando as aventuras das centenas de amigos a bordo do S. S. Friendship, bem como Hatty Hattington, que é conhecido como "melhor amigo de todos". Depois de encontrar uma forte tempestade, o S. S. Friendship naufraga em uma ilha misteriosa e aparentemente abandonada, e a própria tripulação desaparece. Ao acordar dos destroços, o personagem do jogador procura abrigo da tempestade em um teatro em ruínas. Logo depois, o jogador descobre gatos tecnologicamente avançados e altamente evoluídos restringindo um Hatty cativo enquanto ele está sendo equipado com uma cartola ameaçadoramente brilhante. O chapéu parece mudá-lo, e ele alerta os gatos para a presença do jogador, atacando-os e deixando-os inconscientes. Ao acordar, é revelado que toda a tripulação do S. S. Friendship está sendo mantida prisioneira pelos gatos, com Hatty como seu aparente novo líder. O jogador é então libertado de sua cela e forçado a jogos mortais pelos guardiões felinos. Os gatos, que forçam seus prisioneiros a apresentações teatrais mortais, assistem com diversão enquanto o jogador luta por sua sobrevivência. À medida que o jogador completa os desafios, ele encontra joias que são gastas para desbloquear outros membros da tripulação para jogar como nessas apresentações teatrais. Parecendo estar possuído pelos poderes desconhecidos do chapéu, Hatty começa a trabalhar para os gatos e contra o jogador. À medida que o jogador avança, o narrador revela mais sobre o teatro. Centenas de anos antes do jogador naufragar na ilha, Purrham Furbottom, um aficionado por teatro, procurou construir o maior teatro do mundo. A noite de abertura viu os feitos e emoções mais impressionantes que nunca foram vistos antes, tornando o teatro um sucesso da noite para o dia. No entanto, Furbottom não permitiu intervalos no teatro, e depois de uma quantidade incalculável de tempo assistindo ao show, ele morreu depois de "fazer cocô até a morte no caminho para o banheiro. " Desde então, sua cartola foi passada para vários outros, que foram cada um reverenciado pelos gatos como seu líder, e que cada um se encontrou com seus próprios destinos sombrios. O chapéu, teoriza o narrador, é assombrado pela tristeza de cada um de seus usuários passados, e Hatty é sua vítima atual, tendo afundado em uma depressão enquanto estava cercado pelas muitas pedras preciosas que o jogador acumulou, sem fazer nada para ajudar o estado do teatro. Eventualmente, os gatos se cansam da inação de Hatty e começam a se rebelar, atacar e muito mais, enquanto os desafios do jogador ficam cada vez mais difíceis. À medida que o teatro se deteriora ainda mais, o narrador fornece encorajamento ao jogador e continua a lançar luz sobre o estado mental dos gatos, que se torna mais instável à medida que o tempo avança. O narrador também instrui o jogador a entrar no Cofre, que abriga Hatty e todas as pedras preciosas que o jogador gastou, antes que os gatos matem Hatty e o resto da tripulação, recomeçando a loucura. Depois de completar o conjunto final de desafios dentro do Cofre, o jogador invade a sala do trono de Hatty. Hatty não se move, então o jogador o carrega para fora do teatro em ruínas enquanto a equipe do S. S. Friendship orquestra uma fuga em massa. Todos conseguem voltar para o barco em meio ao caos, escapando da ilha e dos gatos que lá residem. Enquanto o jogador comemora com chocolate quente, ele tenta animar Hatty, que o narrador implica ter caído em um estado catatônico devido à exposição prolongada ao chapéu. O narrador canta uma música triste enquanto os créditos rolam, antes de se recuperar rapidamente e cantar uma música mais feliz e otimista, balançando o barco e jogando Hatty no mar, onde ele afunda no fundo. O chapéu pousa em sua cabeça e começa a brilhar em verde, em oposição ao seu vermelho habitual, e dispara uma viga para o céu, onde envia o barco voando e continua no espaço, onde vaporiza um urso que apareceu durante a música otimista do narrador. O narrador afirma entender o que acabou de acontecer, mas não explica, enviando o jogo de volta para a tela de título.