A Incorporação do Diabo Escarlate apresenta dois personagens jogáveis para escolher, com dois tipos de Carta de Magia cada. Reimu Hakurei pode cobrir uma ampla área da tela com ataques mais fracos, enquanto Marisa Kirisame depende de sua velocidade e poder para compensar sua propagação de ataque mais fina. As bombas mostram comportamento e dano diferentes, dependendo do personagem e do tipo escolhido. Ao contrário de seu antecessor, Mystic Square, Embodiment of Scarlet Devil vem com um recurso de "coleta automática de itens", que permite coletar todos os itens na tela, movendo-se para o topo da tela se você estiver com força total, bem como um sistema de contra-bombas, que permite evitar uma atingido usando uma bomba imediatamente. Embora existam seis fases no total no jogo principal, jogar no Easy terminará o jogo após a Fase 5.

Durante um verão pacífico em Gensokyo, uma névoa escarlate antinatural aparece sem aviso e cobre grande parte da terra. É forte o suficiente para bloquear o sol, fazendo com que as áreas afetadas fiquem escuras e frias. Reimu Hakurei, uma donzela do santuário que trabalhava no Santuário Hakurei, e Marisa Kirisame, uma maga, partiram para encontrar a fonte da névoa. Sua busca os levará à Mansão do Diabo Escarlate e a seus excêntricos donos...