Após os eventos de Montanha da Fé, o verão chega a Gensokyo com uma fanfarra de clima estranho. Pouco depois do clima anormal aparecer, houve um grande terremoto que destruiu o Santuário Hakurei, fazendo com que Reimu Hakurei investigasse a causa do incidente.

Um fenômeno bizarro está ocorrendo em Gensokyo. No meio do verão, chuva e granizo prematuros caem na Floresta da Magia, cobertores de neve Hakugyokurou, a Mansão do Diabo Escarlate é envolvida por uma névoa nublada e densa, e o Santuário Hakurei é destruído por um terremoto repentino. Ao longo do jogo, Reimu e os outros protagonistas partiram para investigar a fonte das estranhas ocorrências. Tenshi Hinanawi é um celestial. Achando sua vida recém-descoberta no Céu chata e monótona, ela viu com inveja os youkai de Gensokyo agitando muitos incidentes de cima. Empunhando o poder de controlar a terra e a divina Espada de Hisou, a celestial cansada decide instigar uma catástrofe própria.