Um tesouro se transforma em terror em Bob Esponja Calça Quadrada: A Vingança do Holandês Voador. Enquanto navega pela Fenda do Biquíni, Bob Esponja descobre vários baús de tesouro. Ignorando os sinais de alerta, Bob Esponja abre os baús, apenas para descobrir que ele libertou o Holandês Voador - um fantasma furioso que agora quer fazer Bob Esponja e seus amigos parte de sua tripulação. Ao ajudar Bob Esponja a impedir que o holandês cause estragos na Fenda do Biquíni, você muda de roupa, coleta moedas de ouro e interage com todos os seus personagens favoritos do programa de TV.

Um dia, Bob Esponja acorda e começa a brincar com Gary, levando o caracol a desenterrar um baú de tesouro. Bob Esponja abre o baú e encontra uma garrafa mágica, que, ao esfregá-la, solta dobrões por toda a Fenda do Biquíni e solta O Holandês Voador. O Holandês Voador diz a Bob Esponja que levará Gary para trabalhar em seu navio por toda a eternidade; depois de sair brevemente para verificar seu navio, ele cumpre essa promessa. Bob Esponja continua a viajar por sete mundos diferentes para recuperar peças de letras; há nove em cada mundo, que soletram seu nome, e cada conjunto leva a um tesouro. Esses tesouros, como explicado por um dos livros de Lula Molusco sobre "Como derrotar espíritos malignos", são bens pessoais de quando o holandês estava vivo, o que aparentemente pode enfraquecê-lo; de acordo com o livro, coletar todos os sete tornará Bob Esponja imune ao feitiço hipnotizante do holandês, permitindo para lutar para salvar a Fenda do Biquíni.