O garoto gênio do Cartoon Network, Dexter, está tentando salvar seu laboratório de seu arquivo Mandark in Dexter's Laboratory: Mandark's Lab? Mandark se infiltrou no laboratório de Dexter e reprogramou seu computador, então os jogadores devem ajudar Dexter a recuperá-lo completando este jogo de aventura cobrindo quatro áreas compostas pela casa de Dexter e seu laboratório. Em cada área há dois mini-jogos e quatro peças de projeto escondidas para uma das invenções de Dexter que lhe dão uma vantagem em cada um dos mini-jogos. Tanto o Dance Off de Dee Dee, que faz os jogadores apertarem botões a tempo da música, quanto o Cootie Call, onde Dexter extermina os percevejos voadores, acontecem no quarto de Dee Dee. O que é Buggin' Dexter, uma corrida a pé entre Dexter e um bug que poderia infectar seu computador, acontece na placa de circuito de seu computador, e Dexter's Dodgeball acontece no pátio da escola com Dexter atacando valentões da escola com bolas de playground.