Quake III Arena é um jogo de tiro em primeira pessoa construído em torno do combate multijogador competitivo. Ao contrário das entradas anteriores da série Quake, ele não tem campanha baseada em história, e seu modo single-player coloca o jogador contra bots controlados por computador em uma série de arenas cada vez mais difíceis. As partidas acontecem em mapas que misturam arquitetura gótica e tecnológica, com armas e power-ups surgindo em pontos fixos que os jogadores lutam para controlar. Técnicas de movimento como strafe-jumping e rocket-jumping são fundamentais para o jogo de alto nível. Os modos de jogo incluem deathmatch gratuito para todos, deathmatch em equipe, duelos de torneio individual e captura da bandeira, e o jogo suporta jogos em rede e na Internet, além de ampla personalização e modificação.

Em Quake III Arena, os maiores guerreiros de todos os tempos são retirados de seus próprios mundos para lutar pela diversão de uma raça poderosa conhecida como Vadrigar dentro da Arena Eterna. O jogador assume o papel de um desses combatentes, lutando contra níveis de oponentes em uma competição interminável de habilidade e sobrevivência.