Scaler segue a história de um menino de 12 anos de idade, amante de lagartos, chamado Bobby "Scaler" Jenkins, que acidentalmente se depara com um plano maligno para dominar o mundo através do uso de lagartos mutantes. Scaler é lembrado como um jogo de nicho que trouxe ideias interessantes e um estilo visual marcante, sendo uma joia escondida para os fãs de jogos de plataforma 3D da época.

Você joga como Bobby "Scaler" Jenkins, um jovem que descobre que seu vizinho é na verdade um vilão reptiliano de outra dimensão. Depois de ser capturado e transportado para esta dimensão alienígena, Bobby é transformado em um ser parecido com um lagarto, dando-lhe habilidades únicas. Ele deve usar essas habilidades para combater o exército reptiliano maligno, resgatar criaturas nativas e impedir os planos do vilão de dominar a Terra.