Lidere batalhas épicas em um novo mundo de FINAL FANTASY. Traição e negociações mais sombrias aguardam no jogo de guerra da Squaresoft. Lute centenas de batalhas em terrenos 3D perigosos enquanto uma antiga rixa de sangue desperta um inimigo mais mortal.

A história se passa no reino de Ivalice, inspirado na Idade Média. O reino está localizado em uma península cercada pelo mar no norte, oeste e sul, com um promontório ao sul da massa de terra. É densamente povoada por seres humanos, embora monstros inteligentes possam ser encontrados vivendo em áreas menos povoadas. A magia é predominante na terra, embora ruínas e artefatos indicassem que a população do passado dependia de máquinas, como dirigíveis e robôs. Os vizinhos de Ivalice são o reino de Ordalia, no leste, e Romanda, uma nação militar ao norte. Embora as três nações compartilhem linhagens reais comuns, grandes guerras ocorreram entre elas. Uma influente instituição religiosa conhecida como Igreja de Glabados lidera a fé dominante, centrada em torno de uma figura religiosa conhecida como Santa Ajora. Depois que Ivalice terminou sua guerra com as duas nações no que é conhecido como a Guerra dos Cinquenta Anos, e enfrentando problemas econômicos e conflitos políticos, o rei de Ivalice morreu recentemente e seu herdeiro é uma criança, então um regente é necessário para governar no lugar do príncipe. O reino é dividido entre dois candidatos chamados Príncipe Goltana, representado pelo Leão Negro, e Príncipe Larg, simbolizado pelo Leão Branco. O conflito leva ao que é conhecido no jogo como a Guerra do Leão. Por trás desse pano de fundo está uma revelação do historiador do jogo Alazlam J. Durai, que procura revelar a história de um personagem desconhecido cujo papel na Guerra do Leão foi importante, mas foi encoberto pela igreja do reino. A história é apresentada como um relato histórico de Alazlam J. Durai com base em documentos recém-descobertos apelidados de "Relatório Durai", escritos por seu ancestral Olan Durai. Ivalice está se recuperando da Guerra dos Cinquenta Anos contra Ordalia. Após a morte de seu governante, a princesa Ovelia e o príncipe Orinas são candidatos ao trono. O primeiro é apoiado pelo Príncipe Goltana do Leão Negro, e o segundo pela Rainha Ruvelia e seu irmão, o Príncipe Larg do Leão Branco. Os dois grupos se envolvem em batalhas na Guerra do Leão. Nobres e plebeus se consideram negativamente e muitos plebeus se juntaram à Brigada de Cadáveres para lutar contra os soldados dos nobres. Ramza, parte da nobre família de cavaleiros Beoulve, e Delita, sua amiga de infância que era uma plebeia comum, testemunham o assassinato da irmã de Delita durante uma revolta. Isso faz com que Delita e Ramza abandonem seus laços com a nobreza. Ramza se junta a um grupo mercenário, liderado por Gafgarion, que protege a Princesa Ovelia de ser caçada por ambos os lados da Guerra do Leão. Delita se junta às forças de Goltana. Eles se reencontram quando Gafgarion tenta levar Ovelia para o Príncipe Larg. Agrias sugere visitar o cardeal Delacroix, da Igreja de Glabados, para proteger Ovelia. Ao longo do caminho, Ramza conhece Mustadio, um maquinista que possui uma relíquia sagrada chamada Pedra do Zodíaco. Caçado por uma empresa comercial pelo poder que contém, Mustadio também busca a intervenção de Delacroix.