O jogo segue os agentes especiais do FBI Fox Mulder (dublado por David Duchovny) e Dana Scully (dublado por Gillian Anderson) enquanto viajam para uma pequena cidade nas Montanhas Rochosas para investigar a fonte de alguns assassinatos estranhos e inexplicáveis. Avistamentos de aparições fantasmagóricas, zumbis e indícios de presença alienígena os levam a uma perseguição a um assassino "desumano". Durante o curso da história, Mulder e Scully seguem pistas para um local remoto na Rússia e, em seguida, descobrem e procuram uma misteriosa nave espacial alienígena semi-enterrada. Os jogadores podem jogar como Mulder ou Scully enquanto tentam impedir a colonização alienígena da Terra.