A História do País das Maravilhas do Leste lança o jogador como a Donzela do Santuário Reimu Hakurei e oferece três tipos de ataque distintos para escolher: um tipo de amplo alcance com poder de ataque fraco, um tipo de médio alcance com poder de ataque moderado e capacidades de direcionamento automático, e um tipo de alcance estreito com alto ataque potência, mas reduziu a velocidade de movimento. As bombas também exibem um comportamento único, dependendo do tipo escolhido. Como o primeiro jogo de tiro danmaku no Projeto Touhou, a História do País das Maravilhas do Leste apresenta muitos recursos que agora são marcas da série como um todo: caixas de sucesso relativamente pequenas, personagens chefes que não são muito maiores que o personagem do jogador, no entanto, são altamente móveis, um power-up sistema, itens de pontos de valor variável, um Estágio Extra desbloqueável e um sistema de pontuação semicomplexo. O jogo também marca a primeira aparição de Marisa Kirisame, que se tornaria uma personagem importante da série, aparecendo com a mesma frequência que a própria Reimu Hakurei.

Depois de voltar de uma sessão de treinamento, Reimu descobre que seu santuário foi invadido por fantasmas e youkai! Animada com essa chance de testar suas habilidades incipientes, ela monta sua tartaruga voadora, Genji, e agarra suas poderosas Orbes Yin-Yang para que possa investigar.