Shin Nekketsu Kōha Kunio-kun: Kunio-tachi no Banka é um beat 'em up na série Kunio / Nekketsu High. O eterno rebelde Kunio e seu amigo Riki finalmente enfrentam o longo braço da lei quando ambos são presos por matar dois transeuntes em um incidente de atropelamento e fuga. O problema é que eles são inocentes e os assassinos sósias ainda estão por aí! Kunio e seu amigo agora têm que sair da prisão e ir chutar alguns traseiros em nome da justiça (e limpar seus nomes, é claro). A jogabilidade envolve derrotar todos os oponentes usando seu arsenal de ataques e movimentos especiais e completar as muitas etapas de rolagem lateral que compõem o jogo, geralmente depois de derrotar um chefe de nível final. Kunio e Riki não estão sozinhos em sua busca, pois suas namoradas duras, Misako e Kyoko, podem se juntar e fornecer sua coleção única de movimentos especiais para a mistura. Sequências de ciclismo nas quais você tenta chegar a outra parte da cidade enquanto se defende dos oponentes no estilo Road Rash também são adicionadas para uma jogabilidade adicional e o jogo usa várias cenas e diálogos não interativos para levar o enredo adiante.

Kunio e Riki são condenados por atropelamento e fuga e os dois são condenados a serem trancados no Centro de Correção Juvenil de West Nerima. No entanto, os dois jovens juram inocência dos crimes. Na manhã seguinte, a dupla recebe a visita do amigo de Kunio, Hiroshi, que os informa que uma série de atividades suspeitas estão ocorrendo na Nekketsu High School e que um homem que se parece com Kunio foi visto na cidade. Suspeitando que eles podem ter sido incriminados por um crime que não cometeram, Kunio e Riki montaram um plano de fuga para se encontrar com Hiroshi. Depois de uma fuga bem-sucedida, Kunio e Riki partiram para encontrar os verdadeiros culpados.