Nos confins do universo, os habitantes humanos do Planeta Zi permanecem travados em combate. A população, dividida entre o bem e o mal, usa formas de vida gigantescas chamadas Zoids para lutar entre si pelo controle deste mundo. Durante um recente experimento de armas, o Planeta Zi passou por uma fusão acidental tempo-espaço, criando uma colisão de guerreiros Zoids de duas eras, o Século Caótico e o Novo Século. Agora, todas as esperanças de retornar o Planeta Zi ao descanso normal com Zeru, um promissor guerreiro Zoids. Ajude Van, Fiona, Bit Cloud e Zeru a usar todo o poder dos ZOIDS para trazer paz ao seu mundo. À medida que a história se desenrola, os jogadores podem personalizar e atualizar seus próprios Zoids exclusivos para melhorar sua eficiência e executar movimentos de ataque combinados. Lançado no Japão como Zoids Saga II, Legacy apresenta mais de 140 tipos diferentes de Zoids, cada um pode ser personalizado com diferentes armas e novos esquemas de cores.