Há um mistério dentro desta batalha Yu-Gi-Oh!, e a única maneira de resolvê-lo é vencer! O Mestre da Carta de Yu-Gi-Oh! 5D envia você para o mundo da série animada de Yu-Gi-Oh! 5D para lutar contra o Corpo de Duelistas na ilha de Ragnarok. Quem são os membros do Corpo de Duelistas e o que eles estão procurando? Você descobrirá em um enredo completamente original centrado em torno da Duel of Legend Cup exclusiva do Wii. Jogue contra 20 personagens de Yu-Gi-Oh!, incluindo alguns que nunca apareceram em um videogame. No modo single-player ou online para dois jogadores, você lutará com mais de 4.500 cartas Yu-Gi-Oh!.

O jogo se passa na ilha Ragnarok, onde há um edifício chamado Yggdrasil. A ilha foi tomada por um gênio do mal, Surtr. Na ilha, o jogador luta contra o Corpo de Duelistas, cuja identidade e motivo são revelados à medida que o jogo avança. Quando o jogador termina o Modo História, ele tem permissão para acessar a área de Niflheimr. Niflheimr não tem oponentes além de Transcenders, mas os jogadores podem desbloquear novos oponentes no Modo Duelo Grátis a cada 2 andares que terminarem, e eles também podem encontrar as entradas de um diário que detalha a história de fundo da ilha Ragnarok e a história de um grupo de pessoas que chegaram à ilha há muito tempo antes do enredo do jogo acontecer.