Tropix 2! Quest for the Golden Banana, como seu antecessor, é essencialmente uma coleção de minijogos, a maioria deles implementações de títulos de gênero casuais bem conhecidos. O jogo é dividido em ilhas, onde o personagem principal macaco e seus amigos animais vivem. Cada ilha atua como um hub para três mini-jogos. Na tela principal, o jogador tem que comprar plantas, móveis, brinquedos e outras coisas para decorar o cenário e desbloquear uma série de itens-chave para passar para a próxima ilha. Estas decorações são compradas com moedas de ouro, adquiridas depois de jogar um dos mini-jogos: Cascade é um jogo de combinação de peças, onde o objetivo é fazer combinações de três ou mais do mesmo tipo, trocando peças adjacentes em uma grade cheia de comida. A comida continua caindo após partidas bem-sucedidas, para ser prontamente comida na parte inferior por algum animal que atua como um medidor de progresso de nível, cruzando a tela em direção a uma pequena bandeira. Nas batalhas contra chefes, o objetivo é fazer partidas o mais rápido possível, jogar comida no inimigo antes que ele obstrua todas as células da grade; Coco Bowl é um jogo de boliche com cocos como bola. O coco pode ser guiado com o rato enquanto atravessa a pista. Alguns níveis possuem características especiais, como rampas e outros obstáculos; Stone Stacker é um jogo de quebra-cabeça simples, onde o jogador deve empilhar lajes umas sobre as outras, combinando seus entalhes na parte superior e inferior, criando um pilar alto no lado esquerdo da tela. Itens especiais, como um martelo e uma pedra coringa, ajudam a eliminar lajes inúteis e facilitam a correspondência; Ice Cream Parlour é um jogo de gerenciamento de tempo, onde um pinguim deve servir sorvete a uma série de outros clientes pinguins. Bolhas de pensamento sobre as cabeças dos clientes mostram fotos dos destinatários e ingredientes de seu pedido, enquanto estrelas abaixo deles mostram seu nível de satisfação. O jogador deve clicar em vários pontos de acesso na tela, guiando o pinguim para pegar o recipiente correto, entregá-lo a um dos assistentes de lêmures prontos para colher ou colocar um dos ingredientes e, finalmente, trazê-lo de volta ao cliente antes que o medidor de paciência se esgote. Uma iguana age como a lata de lixo, engolindo pedidos mal servidos. O objetivo de cada nível é lucrar uma quantia definida de dinheiro dentro de um limite de tempo. Um jogo bônus aparece às vezes, onde o jogador deve mover um cone de sorvete na parte inferior da tela e empilhar várias bolas colhidas e jogadas para cima por um dos lêmures; Piratas! é um jogo de tiro. O jogador controla um canhão colocado sobre uma jangada precária no meio do mar, e o objetivo é atirar em qualquer inimigo na tela antes que ele alcance e destrua a jangada. A balsa pode ser reparada entre os níveis em uma tela subaquática separada, onde as peças de madeira de tetrominoes devem ser colocadas logicamente em sua estrutura. Os barris carregam novos tipos de munição, alterando a potência e o alcance dos tiros. Um jogo bônus aparece ocasionalmente, onde o canhão é usado para alimentar golfinhos; Fish Swap é um jogo de correspondência, onde o jogador tem que trocar peixes em uma grade, criando grandes cardumes que escapam da tela. Um baiacu aparece aleatoriamente na grade e atua como um power-up liberando vários peixes ao mesmo tempo; Water Words é um jogo de criação de palavras, semelhante ao Bookworm e outros títulos. O objetivo é criar palavras conectando blocos de letras adjacentes em uma grade. Palavras aceitáveis têm sua pontuação exibida sobre o botão enviar. Um número de palavras é necessário para terminar cada nível, exibido em uma lista no lado direito da tela; Puffer Popper é um jogo popper de mármore, onde o jogador controla um caranguejo que se move de lado na parte inferior da tela, disparando bolhas em cordas de bolhas multicoloridas tentando fazer combinações de três ou mais da mesma cor para estourá-las. As linhas se torcem ao redor da tela, sendo empurradas em direção a um castelo de areia por um baiacu. Se várias bolhas entrarem no castelo, o jogo acaba.