Os Guerreiros Ninjas apresentam combate corpo-a-corpo de rolagem lateral. Os jogadores assumem o controle de Kunoichi ou Ninja e lutam onda após onda de forças Banglar em cinco níveis.

O jogo é baseado em um futuro distópico onde Banglar, o presidente dos Estados Unidos em 1993, emite a lei marcial sobre a nação, com os militares tendo controle total sobre a lei. Um grupo de cientistas anarquistas liderados por Mulk decide que é hora de se revoltar contra o governo. Sabendo muito bem que abordar os próprios militares poderia ser considerado uma missão suicida, os cientistas criam dois androides que podem sofrer várias formas de dano para cumprir a missão por eles. Os robôs, codinome "Kunoichi" (fêmea vermelha) e "Ninja" (macho azul), são enviados pelos cientistas para acabar com a tirania de Banglar de uma vez por todas. Ninja e Kunoichi têm combos diferentes — um para ser executado normalmente e outro que pode ser executado agachado — e movimentos específicos, como ataques de traço, arremesso, esfaqueamento e ataques aéreos. Na tela, separada da barra de vida, há uma barra de energia especial que se preenche à medida que o personagem principal progride. Quando estiver cheio, a barra permitirá que o jogador execute um movimento especial. Se o personagem sofrer algum dano, a barra especial será redefinida, iniciando uma nova contagem.