Medarot 2 foi lançado em 1999 para o Nintendo Game Boy. É uma sequência direta de Medarot 1 e segue as primeiras aventuras de Ikki Tenryou e seus amigos na cidade de Omikuji. Ao contrário de seu antecessor, o Medarot 2 pode ser jogado em cores em um Game Boy Color. Como os outros RPGs, o jogo foi lançado em duas versões, onde a principal diferença é o Medarot inicial do jogador: Kabuto (besouro rinoceronte, Metabee) e Kuwagata (besouro veado, Rokusho). Junto com os Medarots iniciais, existem alguns Medarots e Medalhas que só podem ser obtidos em uma versão específica. Um remake do jogo para Game Boy Advance, intitulado Medarot 2 Core, foi lançado em 2002. Embora o remake tenha sido lançado na América do Norte e na Europa, a versão original do Game Boy do Medarot 2 nunca foi traduzida para o inglês.