O Brickster está de volta para causar mais danos nesta sequência selvagem, de corrida, perseguição e ilha. Em sua busca para montar a Constructopedia do The Informaniac, você dirigirá, mergulhará, pilotará um lugar e até montará um dinossauro enquanto persegue o Brickster por esses incríveis novos mundos LEGO. Conheça todos os tipos de personagens divertidos ao longo do caminho enquanto viaja pelo jogo. Você precisará de todas as suas habilidades para resolver os quebra-cabeças e alcançar seu objetivo final, para evitar que a Ilha LEGO seja arruinada.

Após os eventos do jogo anterior e a recaptura do Brickster, Pepper Roni recebe a promessa de uma nova casa, com a condição de entregar pizzas pela ilha. Tendo entregue pizzas suficientes para ganhar sua nova casa, Pepper é instruído a entregar uma última pizza na prisão em que o Brickster se esconde. O Brickster então adiciona pimentas adicionais à pizza já picante, deixando-o usar o "sopro de dragão Brickster patenteado" para derreter a fechadura da cela da prisão. Ele então escapa roubando um helicóptero da polícia e voando para o Centro de Informações, onde rouba a Constructopedia, o livro que contém as plantas de todos os edifícios da ilha. Ele então arranca as páginas do livro, fazendo com que todos os edifícios da Ilha LEGO sejam desconstruídos. Tendo convocado os Brickster-Bots, o Brickster parte para sua ilha de asteroides, a Ilha Ogel. O Infomaníaco informa a Pepper que ele deve destruir os Brickster-Bots e rastrear as páginas perdidas da Constructopedia. Ele logo começa a localizar algumas das páginas. A cada página devolvida, um edifício é reconstruído. Pepper então se aventura para Castle Island, onde o Brickster desconstruiu a ponte; enquanto mergulha para conectar suas duas metades, ele encontra os tijolos e uma página. Ele então descobre que outra página está no poste da bandeira do castelo do Touro, pois os Leões roubaram a verdadeira bandeira dos Touros. Os Bulls prometem dar a bandeira a Pepper, desde que ele devolva a bandeira roubada. Os Leões concordam em dar a bandeira a Pepper, desde que ele tenha derrotado o Cavaleiro das Trevas do Touro em uma justa. Depois de derrotar o Cavaleiro das Trevas, Pepper recebe a bandeira do Touro dos Leões, para entregá-la aos Touro. No entanto, antes que os Bulls entreguem a bandeira a Pepper, ele tem que se envolver em uma batalha de canhão com Cedric, o Bull, um aliado do Brickster, enquanto ele rouba a página, assim como os outros Bulls estão prestes a entregar a página a Pepper. Depois de derrotar Cedrico, o Touro, Pepper adquire a página, sinalizando sua hora de deixar a Ilha do Castelo. Pepper then returns home, collects more pages, then flies through a portal to Adventurers Island with a helicopter. Upon landing, he meets Johnny Thunder and Pippin Reed, who agree to help him track down the pages on the island as long as he helps them. Depois de defender o caminhão do Aventureiro das cobras enquanto eles dirigem pelo deserto, eles encontram o Dr. Kilroy em algumas tumbas próximas. Pepper recupera pedras preciosas de dentro de uma esfinge e, em seguida, se aventura dentro do túmulo da múmia para obter uma página da Constructopedia. Pepper então dirige um carro até o oásis do deserto, para pegar outra página de um grande peixe que a engoliu, antes de se encontrar novamente com os Aventureiros. Toda a equipe então voa para a selva, onde descobrem que o Sr. Odeia levou vários dinossauros em cativeiro. Pepper monta um t-rex para o Sr. Odeia o acampamento e resgata os dinossauros com a ajuda de um balão de ar quente, depois derrota o Sr. Odeia e recebe uma mensagem dele. Pepper então se despede dos Aventureiros e retorna à Ilha LEGO. Upon returning home, Papa and Mama Brickolini are kidnapped by the Brickster and a group of his Brickster-Bots. Pepper then collects the final pages of the Constructopedia on LEGO Island and earns a special radio from the Radio Station, which now is the only way to stun the Brickster-Bots, as they became immune to pizza. Pepper then walks to the space port, and, after centrifuge and parachute training, takes a space shuttle to Ogel Island. Pepper's initial obstacle is an asteroid belt leading to Ogel Island, however, he manages to navigate it without much hassle. Since the Brickster stole the landing gear and deconstructs the landing platform on Ogel Island, Pepper has to parachute down. On the asteroid, he makes pizzas to send the citizens to sleep, while getting Mama and Papa out of their situation. He then confronts the Brickster in his palace, locking him in a jail cell at the top of the tower. Pepper, Mamma and Papa fly home in a Fish Ship, and land on LEGO Island, where the Infomaniac greets them. Pepper's girlfriend tackles him and kisses him, and the scene then fades to a dance party at the Pizzaria. Suddenly, five Brickster-Bots burst out of nearby crates. The music stops, however, the Brickster-Bots start to dance, and the party resumes. The camera then slowly fades and moves away from the party, concluding the game.