Rim Runners é uma visual novel de ficção científica leve e estilo anime. O jogador assume o papel do piloto de carga novato Rex enquanto ele tenta fazer um nome para si mesmo com a tripulação de seu navio, o Jack Pot. Como a maioria das visual novels, o jogo progride linearmente, com escolhas ocasionais de diálogo afetando o fluxo da história. Em certos pontos, o jogador pode explorar o navio e falar com sua tripulação e passageiros livremente. Há também as chamadas sequências de "Comando ao Vivo" quando as situações ficam quentes ou particularmente perigosas; durante esses eventos, as escolhas têm um limite de tempo estrito, não é possível salvar ou recarregar o jogo, e escolhas incorretas podem facilmente levar à perda de um emprego ou até mesmo ao fim do jogo.

Rex Leinster é um jovem do remoto planeta Terra, que sonha em um dia explorar e se aventurar pelo espaço, assim como seu pai. Ele entra em uma corrida espacial local na esperança de ganhar um pouco de dinheiro e fama para si mesmo, mas acaba perdendo por um fio de cabelo. No entanto, seu desempenho atrai a atenção de um recrutador da empresa de transporte Lightning Express, e logo ele é contratado como seu mais novo piloto de carga. Infelizmente, o Expresso Relâmpago está perpetuamente à beira da falência, usa equipamentos desatualizados e mal conservados e geralmente é motivo de chacota em toda a galáxia. Mas todo mundo tem que começar em algum lugar, certo?