Como um jovem detetive (a quem você se autodenomina), você trabalha como assistente do famoso investigador Utsugi. Sua primeira tarefa importante é investigar um caso de assassinato. Uma garota chamada Yoko foi encontrada morta perto de uma ponte central. Durante a investigação, você descobre um rumor estranho sobre uma misteriosa "garota fantasmagórica que fica nos fundos", espalhada pela escola em que Yoko estudou. Logo o jovem detetive percebe que o caso se torna cada vez mais complexo e que ele precisará de toda a sua inteligência e talentos para encontrar o criminoso! Este jogo de aventura é dedicado inteiramente à investigação. Você tem um menu com várias opções (Conversar, Investigar, Pensar), bem como vários tópicos para perguntar aos suspeitos. Você deve encontrar pistas questionando as pessoas e coletando informações, mas também examinando áreas - em certos lugares, você deve mover um cursor semelhante a uma mão sobre a tela e clicar em um local preciso para examiná-lo.

A cena do prólogo retrata uma noite de outono em que um menino de 15 anos (o protagonista do jogo) foge de dois policiais. Um homem, respeitado pela polícia, decide cuidar da situação sozinho. O homem leva o menino a um café, onde o menino explica que fugiu de seu orfanato para encontrar o paradeiro de seus pais. O homem se apresenta como um detetive particular chamado Shunsuke Utsugi e convence o menino a se tornar seu assistente. Alguns meses depois, Utsugi e o protagonista recebem um telefonema para verificar uma cena de crime. A vítima de assassinato é uma caloura chamada Yoko Kojima. O protagonista começa a reunir informações da Ushimitsu High School para resolver o caso Yoko e conectá-lo com o caso Genjiro Kaneda, juntamente com a ajuda de dois amigos do ensino médio de Yoko; uma garota chamada Ayumi Tachibana e um menino chamado Hitomi Kawaii. Logo surge que Yoko estava profundamente envolvida em uma investigação de "The Tale of the Girl Who Stands Behind", um boato envolvendo um fantasma de uma garota encharcada de sangue que está atrás de um estudante, e o trio partiu para descobrir a verdade por trás desse boato.