Situado em uma versão fictícia do ano de 2020, a história de. hack//Link se passa em uma nova versão de “The World”, uma popular série de MMORPGs conhecida como The World: RX. O jogo se concentra em um jovem chamado Tokio Kuryuu, um estudante do segundo ano do ensino médio que é transportado para o The World: RX por um novo aluno chamado Saika Amagi. Depois de chegar ao jogo, Tokio é encarregado por uma versão de inteligência artificial do personagem Kite de ser um herói e usar uma torre dos Registros Akáshicos para salvar os Cavaleiros do Crepúsculo, um grupo de versões de inteligência artificial de personagens baseadas em elencos de entradas anteriores no . hackear séries. Usando os Registros Akáshicos, Tokio é capaz de viajar para trás no tempo para o passado . hackear entradas e encontrar personagens passados para descongelar os dados dos Cavaleiros do Crepúsculo.